исторически, JTAG-эмулятором называлась специальная плата, содержавшая устройство, имитировавшее конечную микросхему (то есть не содержащее её физически), с возможностью получения информации о внутреннем состоянии этой (эмулируемой) микросхемы и управления ею (через тот самый интерфейс JTAG), чего нельзя было получить без эмуляции (например, значение внутреннего регистра, не имеющего выводов на корпусе или других механизмов его внешнего считывания).
Сейчас JTAG-эмулятором называют плату с конечной микросхемой (как правило без имитации её) с распаянным JTAG интерфейсом (разъёмом) для прямого взаимодействия непосредственно с микросхемой. Просто потому, что все микросхемы, которые раньше можно было (удобно) изучать (для создания устройств или написания программ) лишь через такой вот аппаратный эмулятор (имитатор), содержат в себе JTAG контроллер имеющий прямой доступ ко всем необходимым цепям микросхемы.
Фактически, JTAG-эмулятор сегодня можно называть как-то вроде «тест-плата для ХХХ с разведённым JTAG», но так как это длинновато, пользуются «привычным» коротким понятием «JTAG-эмулятор».

Раньше использовали метод, называемый «in-circuit emulation» (ICE) — «релизную» микросхему заменяли специальным устройством, которое эмулировало её и вставлялось в разъём. Сейчас большинство процессоров содержат блок JTAG, что позволяет отказаться от дорогих ICE.

Эмулятор — программа, вектор состояния которого читается через JTAG из эмулируемой микросхемы.
Грань между эмулятором и индикатором состояния тут несколько размыта, в этом проблема.

Вы, например, Intel x86 через JTAG отлаживаете? Нет? А чего так? Я вот отлаживал, но это overkill. Это не контроллер. Это большой сложный процессор с которым принято работать на высоком уровне. Если вы самоубийцы и хотите лезь на низкий — добро пожаловать, но нужно уметь. kernel-debugging и всё такое. Абсолютно все задачи, кроме написания своей доморощенной ОС вполне покрываются (отладчиком gdb без jtag). Только уметь нужно.