Во-первых название трудно произносимое. Поэтому я его называю просто кактус.
Во-вторых что-бы что-то сделать надо вначале минут 15 по гуглить.  Потом потыкаться и понять что у вас другая версия и тут всё по другому.
В-третьих отсутствует поддержка инди разработчиков. Реально на рынке ПП с ПЛИС которые по мнению Интел уже устарели.  И их поддержку выпиливают из кактуса.
В-четвёртых невозможно нормально задать пины. Вчера 1 сотню пинов назначал 1 час! Причем тому 2 причины невозможно толком экспортировать и импортировать конфигурацию. Тупо в меню нет функции экспорт, а нет она есть только называется по другому и находится в другом окне. При вводе ручками таблица скачет ка за облагоразумится. Перемещение стрелками на клавиатуре по таблице невозможно так как тоже скачет. В результате по 2 лишних клика. 
Да ещё мать их тайванци с их DE0 разводили пины автоматикой поэтому порядка в номерах не было потратил много времени. Надо было бы отсортировать.
А ещё если экспортировать через назначения ломается топовый файл проекта.
Про миграцию с одной ПЛИС на другую пока молчу.
Формат CSV от англ. Comma-Separated Values на этот формат есть стандарт.  Но Кактус считает что ей стандарт не указ и использует свой формат.

В-пятых.
Так же сильно раздражает нипомерно долгая компиляция.  А итерационная доработали  только в 17 версие кактуса.  И как вы думаете для каких плис?

В-шестых раздражают ошибки которые не ошибки. Смотришь лог компиляции и там предупреждения. Которые не понятно что означают. Так ещё в справки повторяют, то что в логе написано.  Вот что такое клоковой мультиплексор защищенный? Кто его нашёл и зачем его защитили. И раз его защитили так так наверно надо а не сразу ругаться мол непорядок.

С авто генерированными ядрами проблема. Автоматом с одного семейства ПЛИС на другое переключаться не умеют. Так ещё они почему-то автообновление красным весит.

Временной анализ это тёмный лес. Как его настроить не понятно, как его отключить непонятно. Вот как анализ может сломать компиляцию? А он может, хотя казалось бы это независимые вещи.  А ещё кактус всякий раз перекомпилирует проект для вре5сменного анализа! Наверно есть какойто хитрый трюк и неодин но я их пока не знаю.
Ах да насколько помню без прохождения временного анализа залить на ПЛИС не получится. Эта слишком умная среда считает что если проект неправильный то его и заливать не стоит. Хотя по сути основные ошибки, тут не мои а её. Это ведь она не может верно определить временные тайминги.